In de moderne literatuur zijn enkele mogelijke voordelen van jongensbesnijdenis beschreven, zoals een verminderde kans op hiv-, hpv- en urineweginfecties. Deze voordelen zijn wetenschappelijk echter zeer omstreden. Bovendien blijken voor bijvoorbeeld hiv-infectie gedragsfactoren (onveilige seks, onveilig drugsgebruik) veel belangrijker te zijn dan het hebben van een voorhuid.

De Wereldgezondheidsorganisatie stelt dat besnijdenis in sommige landen een kosteneffectieve methode kan zijn om de hiv-epidemie te bedwingen. Dit standpunt van de WHO is echter omstreden, vooral omdat de wetenschappelijke literatuur hierover niet eenduidig is. De onderzoeken die wijzen op een verminderde kans op hiv-overdracht zijn uitgevoerd in sub-Sahara-Afrika, waar hiv-infecties met name ontstaan door heteroseksuele contacten en condoomgebruik minder voor de hand ligt.

Volgens het Amerikaanse CDC, het Centre for Disease Control, helpt besnijdenis niet tegen hiv-overdracht bij homoseksuele mannen. Aanwijzingen dat besnijdenis kan bijdragen aan het terugdringen van het aantal hiv-infecties in Nederland, waar overdracht vooral plaats vindt door onveilig drugsgebruik en homoseksuele contacten, zijn er dan ook niet. 

Andere eventuele voordelen van besnijdenis (verminderde kans op hpv- en urineweginfecties) kunnen op andere, minder ingrijpende manieren worden bestreden (hpv-vaccinatie, condoomgebruik, antibiotica).

Jongensbesnijdenis heeft naar de mening van de KNMG geen dermate grote medische voordelen dat deze de ingreep kunnen rechtvaardigen. Wereldwijd is er dan ook geen enkele artsenorganisatie die routinematige jongensbesnijdenis op medische gronden adviseert.

De regel is dat preventieve medische ingrepen bij kinderen – bijvoorbeeld vaccinaties – pas mogen worden ingevoerd wanneer er een zorgvuldige afweging is gemaakt van noodzaak, veiligheid, (kosten)effectiviteit, complicaties, de aanwezigheid van alternatieven en de noodzaak de ingreep in de baby- of kinderleeftijd uit te voeren. Voor jongensbesnijdenis is nooit een dergelijke afweging gemaakt.

En zelfs als er al medische voordelen aan jongensbesnijdenis verbonden zouden zijn, dan nog is er geen reden om de besnijdenis uit te voeren in de baby- of kindertijd. Hpv-vaccinatie bij meisjes vindt ook pas plaats als het meisje in de puberteit komt. 

De KNMG vindt dat niet-therapeutische jongensbesnijdenis uitgesteld moet worden tot de leeftijd waarop de jongen zelf over de ingreep kan beslissen, of kan kiezen voor eventuele alternatieven.