Het principe van respect voor autonomie betekent dat je als arts respect hebt voor iemands opvattingen, keuzes en leefwijze. Respect voor autonomie is belangrijk, omdat mensen zonder dwang van anderen beslissingen moeten kunnen nemen over welke zorg zij wel en niet willen. Belangrijk bij respect voor autonomie is dat de patiënt wilsbekwaam is, dat hij vrijwillig kiest en dat hij goed geïnformeerd is over zijn situatie, prognose en de voor- en nadelen van de verschillende mogelijkheden.
Respect voor autonomie betekent ook dat wilsbekwame patiënten een behandeling altijd mogen weigeren. Het is echter niet zo dat patiënten elke behandeling kunnen eisen. Een patiënt kan bijvoorbeeld niet een behandeling eisen die medisch zinloos is. Het is dus niet: ‘u vraagt, wij draaien’. Een patiënt kan wel alle behandelingen weigeren, maar niet alles eisen.